為改善三爺溪及大灣排水週遭地區淹水情事，水利局已陸續爭取中央補助及自籌財源辦理整治工作，以加速改善低漥地區淹水問題。預計明年汛期前完成三爺溪萬代橋上游段及大灣排水等河道整治，後續將持續爭取中央經費辦理堤後引水工及分洪工程，以減輕仁德及大灣地區淹水情形。
水利局表示，三爺溪自古為「鯽魚潭」，此潭在上古時為大灣海峽，後因地盤上升而成潟湖，再逐漸演變成潭，此潭也就在西灣里周遭。就地理條件來說，大灣地區西臨台南台地，東臨歸仁區高地，地勢上位處低點為一狹長南北向之低地，防洪條件相當劣勢。自縣市合併以來已陸續完成護堤改善、增設抽水站和滯洪池等工作，沿岸淹水情形已大幅改善。
水利局說明，流域整治遵循「總合治水」原則，目前三爺溪萬代橋上游段及大灣排水已爭取中央經費辦理護岸整治工作，防止外水溢淹，預計明年汛期前完成；而萬代橋下游段水利署第六河川局同步辦理工程發包及用地徵收作業，中央及地方聯手以提升流域整治進度。內水部分，於三爺溪及大灣排水沿岸已設置多座抽水站並辦理下水道、滯洪池設置及堤後引水工作，初步達到在24小時內能承受300毫米雨量之防洪標準。
水利局進一步說明，目前防洪設計大多以長延時設計為主。但隨著全球氣候變遷，短延時強降雨造成之致災事件頻繁，水利局已著手進行相關分洪工程規劃。目前已爭取中央經費辦理市南10分洪計畫，總經費逾4億元，第一期工程已於106年完工；第二期工程目前施工中，預計109年完工，第三期工程目前辦理發包中。整體分洪量約15cms，可有效紓解下游仁德及大灣地區淹水情形。
水利局最後強調，「治水」、「淨水」及「親水」一直是市府治理河川的理念。現階段三爺溪溪已穩健地辦理整治工作，並期許藉由各項建設措施，逐步達成「淨水」及「親水」目標，為臺南市市民營造一個優質的水岸城市。