因應極端氣候，豐枯水期差距擴大，存有缺水風險，經濟部水利署推估，臺南地區民國120年將有27.7萬CMD的供水缺口。南科園區115年預估日用水量32.5萬噸(自來水24.2萬CMD、再生水8.3萬CMD)，為穩定供水，選擇安平再生水廠主要原因摘述如下：
一、 確保產業供水穩定及降低缺水風險，建置再生水專管有其必要性：氣候變遷，旱澇風險增大，遇缺水旱事，自來水水源調度不易，為提供穩定製程用水及因應缺(斷)水緊急事件調度備援水能力，以專管方式提供南科園區新興水源，降低與民生用水競爭有其重要性與必要性。
二、 鄰近工業區用水意願低，並須額外建設二元供水系統，使用成本高：規劃階段經市府洽詢鄰近工業區(安平工業區、南科工等)使用意願，需求量每日僅約3816噸，使用意願不高，可接受水價偏低(約5-13元等)，且須另增設再生水供水系統，不具經濟效益。
三、 中央與地方共同合作，不僅增加市庫收益亦增加市民就業機會：因臺南市政府與中央積極合作，在水、電、土地等資源提供必要協助，使台積電投資新台幣5,000多億元，創造4,000個優質的工作機會，另用水端支付市府之水價亦包含電費等必要之費用，亦將市府相關配合建設費用逐年攤還，增加市庫收益，達成雙贏目的
水利局表示再生水案建設所需「建設經費」35.94億元由內政部營建署補助92%及科技部南部科學園區作業基金支應。「營運維管費」則立基使用者付費精神，以簽訂用水契約之售水價支應，安平案用水端支付使用費30.92元/立方公尺，已含支付市府配合款及委託操作廠商22.17元/立方公尺。
受氣候變遷及降雨時空分布不均影響，截至昨日(9/21)曾文水庫有效蓄水量僅達39.2%，因此對水的運用要更精進，用再生水挹注產業用水，不僅穩定產業發展，亦降低有限民生水資源不足風險之虞，更加體現循環經濟之精神，繼而可也引領整個供應鏈群聚效應及水務產業發展，為大台南創造高附加價值的成長契機。
市府也將持續以污水處理廠轉化為都市小水庫的思維，將放流水加以再利用，在不損及市民權益及環保永續效益最大化前提下，使珍貴的水資源持續朝循環永續的方向邁進，符合綠色經濟之落實及社會期待。