針對網路媒體報導指稱臺南市治水預算執行效率低落、治水成效欠佳及挪用清淤經費一事，臺南市政府嚴正澄清，也呼籲有心人士勿再老調重彈。經實際統計至114年底，台南市執行國土署「前瞻雨水特別預算」之執行率已達100%，執行績效高居全國第一，另經濟部水利署「前瞻縣市管河川及區域排水整體改善計畫」114年全年執行率亦達99%以上。另市府投入雨水下水道清淤經費遠高於中央補助款，並無挪用情事。對於外界引用不實資訊打擊第一線治水團隊的辛苦成果，市府深表遺憾並予以嚴正駁斥。
黃偉哲表示，近年市府持續推動治水工程，淹水面積逐年改善，已由98年莫拉克颱風約5.5萬公頃，113年凱米颱風約335公頃減少至114年0802豪雨約130公頃，展現台南治水已逐步發揮成效。關於近期部分地區的積淹水情形，本次「0625西南氣流」帶來的豪大雨，水利局坦言，目前三爺溪的防洪保護標準僅為「10年重現期」，遠低於台北地區200年重現期保護標準，「0625西南氣流」於三爺溪上游集水區6小時就降下267毫米雨量，24小時降下353毫米雨量，其短時強降雨強度已大幅超出既有防洪設施的保護標準故發生局部淹水災情。
此外，針對清淤補助經費。臺南市政府前已召開記者會詳細說明，此為刻意誤解監察院調查報告內容，市府實際投入雨水下水道清淤經費遠高於中央一般性補助款。又自108年起年清淤量自10.7萬噸逐年增加至113年度已達77萬噸。清淤補助經費全數用於下水道相關工程，並無挪作他用情事。針對清淤成果，市府水利局除每月定期列管清淤進度、主動公開清淤進度於水利局官方網站外，也依據中央主管機關指導，落實資料一致性與橫向溝通。
市府重申，面對極端氣候的嚴峻挑戰，治水工作是一場持續性的長期抗戰，地方政府肩負第一線防災責任。將賡續與中央緊密合作，積極推動各項治水與防洪工程，穩健提升城市的防洪韌性。呼籲各界秉持客觀事實評論，給予辛勞的治水團隊支持與鼓勵。