市府開發南山殯葬專區係為因應南區殯儀館土地使用達飽和，及本市人口高齡化增加殯葬設施需求。規劃範圍由竹溪以北鄰火化場範圍、竹溪以南至中華南路範圍面積約16公頃殯葬用地，殯葬專區將朝向現代化、立體化及開放公園理念來規劃六合一殯葬服務專區，其中亦包含規劃古蹟古墓保留區，在專區內即可完成全部殯葬禮俗完整的串流服務。為免除南區殯儀館及火化場衝擊當地居民交通及生活環境品質，除降低鄰避性及增可親近性外，也朝向開放綠地型的歷史文化景觀規劃。公墓內自然人或教會之私人土地等並不在殯葬專區用地範圍內，既為殯葬專區用地，自然沒有所謂全面、整體的土地開發計畫。
南山公墓目前已進入地上墓葬文化資產先期調查作業程序中，俟文資審查結果出爐，提出具有文化價值古墓的數量及保存方式建議，臺南市政府才會再行下一階段的評估規劃。目的在為台南規劃一處市民接受度更高、更具歷史人文，甚至文化觀光價值的殯葬專區，也讓南山公墓的文物及歷史價值經整理後重新展現於世人面前。
南山公墓現況不利都市發展及居民期待，勢必須經過適度整理改善，目前遷葬公告係屬鼓勵家屬自主遷葬，本市殯葬管理所受理申請時也會主動告知目前尚在進行文化資產先期調查，且無須敲毀墓碑等意見，並無所謂強迫遷葬一事，於文化資產調查及審議程序完成前，市府並不會進行南山公墓代起掘及整地等作業。市府民政局近期已籌備辦理南山公墓專區政策之公民政策論壇以聽取各方意見，期能同時提昇先人與市民生活環境品質，保存文化資產，與滿足殯葬設施服務量能等多元效益。
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