一、民國98年9月9日行政院核定之路線自始就是「在既有鐵路的東側」施工，是唯一版本，全案公益性、必要性可受公評
市府重申「臺南市區鐵路地下化計畫」之用地取得及環境影響評估爭議歷經監察院調查、環境影響評估行政訴訟、各級都市計畫委員會審議等，已經過多次言辭辯論證實全案確無東移擴大徵收範圍、無違背環境影響評估法、無規避環評、無違反行政程序、無財團介入等情事，亦彰顯行政院核定案之公益性、必要性、合理性及合法性經得起各界檢視與公評。
二、政府依法行政，程序完備、適法妥當
「臺南市區鐵路地下化計畫」係行政院98年9月核定之重大交通建設，本市配合辦理之北區、東區等都市計畫變更作業經各級都市計畫委員會審議後於105年11月公告發布實施在案，需地機關（交通部鐵道局）接續執行用地取得作業。涉及工程用地之土地徵收計畫亦經內政部審議通過後分別於107年10月（東區）、11月（北區）公告在案並於107年12月完成補償費發放。
市府配合中央推動鐵路地下化，係為奠定交通及都市長遠發展，增進社會大眾公益，執行過程一切依法行政亦已充分溝通，程序完備、適法妥當。
三、都市計畫審議歷時四年，以民眾最大公共利益考量為依歸
市府自101年8月依行政院核定計畫及交通部鐵工局的路線規劃設計，辦理都市計畫變更公開展覽作業以來，歷時將近四年，期間為釐清工法，市府暫停市都委會實質審議程序，於102年2月邀請自救會、交通部鐵工局召開工程技術論壇，先釐清工法；臺南市都委會專案小組亦通知168位陳情人列席、召開7次小組會議討論。
內政部都委會就本案召開3次專案小組會議、1次擴大小組會議及3次大會審議才定案，顯示政府重視人民意見、以民眾最大公共利益為依歸，客觀公允考量。
四、配合工程用地所需，無任何一吋土地移作開發之用
部分人士一再指稱政府為土地開發利益將鐵路東移，市府已多次澄清「臺南市區鐵路地下化計畫」總經費293.6億元全數由政府出資興建，毋須取得私有土地進行開發來籌措財源、挹注建設經費。且工程用地範圍及公園道土地全數供作交通事業及市區道路公共使用，並無移作其他開發建築使用。
全案依工程設計施工需要工程用地面積約17.36公頃，其中公有土地及國營事業土地面積14.48公頃，約占83.4％；而私有土地面積2.88公頃，占16.4％。顯示鐵路地下化工程已優先且大部分使用公有土地。
五、受拆戶已申購專案照顧住宅247戶並完成226戶交屋
為配合鐵路地下化工程，提供受影響拆遷戶安居的專案照顧住宅，市府額外規劃照顧住宅，除以成本價提供受拆戶選購外，也為受拆遷戶向臺灣銀行協調爭取低利貸款優惠，幫助拆遷居民解決住的問題。本府於東區南台南副都心區，透過公開評選委託興建地下2層、地上15層樓，共計366戶之專案照顧住宅。基地鄰近台南機場、台86線東西向快速道路與台一線，交通路網便捷，生活機能優良。
本市鐵路地下化工程範圍內需拆除及範圍外一併徵收戶中，符合照顧住宅申購要點資格之拆遷戶至目前計有292戶，扣除已表明無申購意願28戶，實際有申購資格戶總數為264戶。照顧住宅經過三次公開申購作業，已申購戶為247戶，總體申購率達93%。截至108年5月6日已完成227戶交屋程序，交屋率達91％。
六、法院已駁回自救會停止執行土地徵收之聲請
有關台南市區鐵路地下化工程之土地徵收與拆遷工程乙事，部分土地及建物之所有權人（包括5/3進行拆除的前鋒路一號）曾向高雄高等行政法院提起撤銷訴訟，並提出停止執行之聲請。
市府指出，高雄高等行政法院已於108年1月21日以108年停字第1號行政裁定作成判斷，駁回聲請人有關停止執行之聲請。聲請人雖立即提起抗告，最高行政法院業已於108年3月29日以108年裁字第551號裁定，駁回聲請人之抗告而確定。顯示行政機關之程序完備、並無瑕疵。
法院裁定確定後，行政機關也已派員積極與各土地及建物所有權人溝通。因此，網路傳聞未與受拆戶溝通且未通知等情形，對於相關事實顯有誤解，再予澄清。