有關議員質疑市府透過基金納入集中支付有隱藏債務疑慮，臺南市政府財政稅務局表示，基金納入集中支付符合公庫法規定，且中央及其他地方政府也有相同的作法，審計處也未將之納入市府隱藏性債務。
財政稅務局盧局長表示，本府將所屬基金納入集中支付係依公庫法第8條規定辦理，且中央考量基金納入集中支付對靈活庫款調度、加強預算控制、嚴密財務管理、確保庫款安全與撙節政府支出能發揮重大成效，爰將其列為重要政策之一。依財政部統計，目前中央、直轄市及其他縣(市)政府均有運用集中支付機制統籌運用資金。
本府為提升財政效能、減少閒置資金、避免不必要舉債及降低債息，於102年3月起實施基金納入集中支付，各基金收支帳目仍獨立運作，符合基金專戶專款專用之要求，其有資金需求時，市庫均能如期支付，並未妨礙各基金設立之目的及其正常運作，臺南市審計處也未將集中支付金額納入市府隱藏性債務。另議員建議發行債券增加調度工具，因需作整體規劃考量，市府將審慎研議辦理。