有關燃油機車業者指出本市老舊機車汰舊換新加碼補助獨厚電動機車，質疑公平性，臺南市政府表示自108年起即針對市民換購六期燃油機車進行補助，109年配合中央政策補助96年6月30日前出廠之老舊機車汰換，甚至對偏鄉及中低收入戶進行加碼再加碼，非業者所指補助獨厚電動機車之情形。
黃偉哲市長表示，有鑑於去(108)年市民汰換燃油機車有助於減少空污，藍天比例日數歷年最高，所以，109年持續辦理加碼政策；新補助方案持續照顧偏遠地區及中低收入戶，如中低收戶換購七期燃油機車，最高可補助13,000元。四個偏遠地區（南化區、龍崎區、左鎮區及楠西區）換購七期燃油機車，可補助8,000元。
環保局長林淵淙表示，進一步調查結果，目前全國已發布加碼訊息補助僅臺南市、台北市、屏東縣及花蓮縣，其中僅有臺南市針對燃油機車加碼補助，對於燃油機車一般民眾仍維持3,000元補助。以108年與今(109)年比較，加碼換燃油機車2,000元升至3,000元(調高1,000元)，另外還保有二行程機車淘汰補助最高2,000元，以上可知，本市政策並未獨厚電動機車業者。
環保局進一步指出，「希望家園—改善空污、綠色運輸」是市政主軸之一，且低污染車輛之推廣是本市推動低碳城市的重要措施並落實低碳城市的發展。相關補助訊息可上臺南市政府環保局二行程機車汰舊籍新購低污染車輛補助資訊網查詢。
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