本市龜子港排水系統因地勢低漥且近年來降雨趨勢日益極端，歷年來每逢豪大雨來襲均造成嚴重淹水災情，為提高本市龜子港排水系統防洪標準，水利局除籌措財源外，另外也向中央爭取經費辦理龜子港排水系統各項改善工程，總計投入龜子港排水改善之經費已達新臺幣約5億1,917萬元，現階段已將龜子港排水台一線新文橋以西區段及支流如八老爺排水及南八老爺排水之下游地區整治完畢，其防洪標準已提高至10年至25年防洪頻率。
為再加強改善龜子港排水台一線新文橋以東地區淹水及降低淹水風險，本府水利局業已向中央爭取到「前瞻基礎建設計畫」8,000萬元經費辦理「龜子港排水治理工程」，該工程預計施作於本市柳營區中埕里、東昇里及六甲區龜港里、水林里等龜子港排水沿岸，本工程西起台1線新文橋，東至德元埤出水閘門下游約700公尺處，整治全長約2,667公尺，施作堤頂寬度約34公尺至36公尺(含防汛道路則全寬為48至50公尺)，土地徵收面積約15.6公頃。目前本工程辦理用地取得作業中，預計108年12月底前可完成，第1期工程預計109年1月開工，109年6月底前完工，本府水利局仍將持續向中央爭取後續之施工經費，計畫將使龜子港排水全段採系統性整治，俾利抑應極端氣候。
「龜子港排水治理工程」範圍現有護岸為土石護岸，其岸坡有多處坍塌、破損嚴重，且大部分高度不足，易造成洪水溢堤，每逢豪雨即造成水流宣洩不及、洪水溢堤浸淹兩岸土地等問題。本工程設計以現有龜子港排水渠道向兩側拓寬，以施設兩側坡面工及加高護岸方式予以改善，以期改善淹水問題，另兩側護岸另有施作約6公尺寬之防汛道路，該防汛道路完工後，可由省道台1線直達龜子港排水上游處，加速搶修搶險效率，避免造成淹水損失。
本工程完工後，除可改善龜子港排水兩側土堤流失造成農田耕作面積減少問題外，其堤防加高後更可改善兩側農田及民宅淹水問題，另可提高農業經濟產值，加強民眾對政府施政向心力，故本工程之施作實有一舉數得之功效。