2022年9月1日から（時刻表の到着予定時間を基準とする）、入境後の措置を3日間の在宅検疫及び4日間の自主防疫とし4日目以降は帰宅し「１人１室」で過ごすことが可能とすることを発表しました。在宅検疫及び自主防疫期間中は防疫規定の順守が求められ、違反者は伝染病防治法第58条、第69条により1万台湾ドル以上15万台湾ドル以下の罰金が課せられます。
中央感染症指揮センター（CECC）の説明によると、3日間の在宅検疫期間は「１人１戸の条件に合う自宅或いは友人宅又は防疫旅館」、4日目以降は１人１室の条件に合う自宅或いは友人宅で自主防疫を進めることになります。今回の措置ではトイレ・浴室付の個室が原則で一般の宿泊施設での滞在は認められません。３日間の在宅検疫から１人１室の自主防疫に移ってからは自主防疫を進める場所の変更等について地方政府への申請は不要です。
自主防疫期間は防疫規定の順守が求められており不必要な外出は控える事をはじめ、2日間以内の抗原検査キットによる陰性結果を得られた場合にはじめて仕事や生活必需品を購入するための外出が可能になります。出勤、訪問、講演、会議などで外出の際はマスク着用及びソーシャルディスタンスの維持が必須で、飲食時にはマスクを外すことは可能ですが食事を終えたら速やかに着用することが必要です。人混みや対象が特定できない場所への出入りは避け、商用で会食をする際には個室か対象が特定できる方法を用いて下さい。その際もパーテーションやソーシャルディスタンスは保持し、急迫ではない医療や検査での来院は避けてください。